Neben Wein gehört der Hart-Rohmilchkäse Comté zu den wichtigsten landwirtschaftlichen Produkten des Jura und der benachbarten Regionen. Comté-Käse gilt als beliebtester Bergkäse Frankreichs und ist nahe mit dem schweizerischen Gruyère verwandt. Man geht heute davon aus, dass das Rezept zu Beginn des 18. Jahrhunderts von Käsern aus dem Greyerz-Bezirk in der Schweiz in die Region gebracht wurde. In fast jedem Dorf im Jura und den umliegenden Gebieten findet sich eine Käserei, die die Milch der Bauern aus dem unmittelbaren Umland zu Comté-Käse verarbeitet. Diese werden als »Fruitières« bezeichnet. Der Käse ist dann auch je nach Dorf und Jahreszeit einzigartig.

Die Ernährung der Kühe in der jeweiligen Saison entscheidet über den Grundgeschmack, genauso wie die anschließende Reifung. Comté-Käse reift mindestens vier Monate, vielfach jedoch länger – oft bis zu 36 Monate. Je länger er reift, desto kräftiger ist seine würzige Note und desto intensiver sein Geschmack. Jüngere Exemplare harmonieren gut mit weißen Juraweinen aus reduktiver Herstellung, können aber auch mit den roten Spezialitäten kombiniert werden. Ein Comté mittleren Alters versteht sich bestens mit einem »Vin typé«, einem oxidativen Wein ohne die Bezeichnung Vin Jaune also. Und kräftiger alter Comté harmoniert aufgrund seiner Salzigkeit auf fast schon spektakuläre Art und Weise mit einem nussigen, trockenen Vin Jaune.